DDBJ Validation Service
DDBJ Validation Srviceは、Vagrant & Virtual BoxのBoxファイルとして提供されます。
最新のBoxは下記URLより取得してください
http://vagrant-file-dvs.bmu.jp/package.box
Vagrant upの後、サービスを開始するために環境内で下記コマンドを実行し手動で必用なサービスを起動してください。
// Expressの起動
cd /home/vagrant/ddbj_validator/webapp/ddbj_validator_webapp
forever start bin/www
// Unicornの起動
cd /home/vagrant/ddbj_validator/webapp/BioSample_XML_API
unicorn -c unicorn.rb -D -p 9292
- サーバOS：Ubuntu14.04LTS
- 仮想環境：Vagrant & Virtual box
- アプリケーション言語：Ruby（2.x）, Node.js(v0.10.x)
- データベース：MongoDB
- Webフレームワーク（サーバサイド）：Node.js - Express(v4.x)
- Webフレームワーク（クライアントサイド）：Backbone.js
- アプリケーションサーバ：Express - forever - nginx(リバースプロキシ、予定)
/home/ubuntu/ddbj_validator/webapp
├─ app.js アプリケーション・エンドポイント
├─ package.json パッケージ管理ファイル
├─ bin/
│ └─ www アプリケーション起動スクリプト
│
├─ config/ 設定ファイルディレクトリ
│ └─ default.json
│
├─ models/
│ └─ Message.js errorレスポンスを保存するためのモデル
│
├─ node_modules/ npm installした依存ライブラリを配置したディレクトリ
│ └─ ...
│
├─ public/ クライアントサイドで使われるアセット
│ ├─ fonts/
│ │ └─ glyphicons... Bootstrapで利用するアイコンフォント
│ │
│ ├─ images/
│ │ └─ gif-load.gif now loading表示時のアニメーションgif
│ │
│ ├─ javascripts/
│ │ ├─ app.js サンプルデータのPOSTや表示の非同期処理に関するスクリプト
│ │ ├─ backbone.js クライアントサイドのjavascriptフレームワーク
│ │ ├─ bootstrap.js レスポンシブな表示に関わるフレームワーク
│ │ ├─ d3.js サンプルデータの配列計算に利用
│ │ ├─ jquery.js Backbone.jsの依存ライブラリ
│ │ └─ underscored Backbone.jsの依存ライブラリ
│ │
│ ├─ stylesheets/
│ │ ├─ style.css
│ │ └─ validator.css
│ │
│ └─ views/ 非同期なViewの生成に関わるテンプレートとロジックのディレクトリ
│ ├─ ddbj_validation_rules.json
│ ├─ error_message.ejs
│ └─ error_message_group.ejs
│
├─ routes/ リクエストハンドラ
│ ├─ index.js トップページとxml生成に関わるコントローラ
│ ├─ messages.js エラーメッセージログの非同期な更新のためのコントローラ
│ ├─ post.js サンプルファイルのPOSTやvalidatorの呼出しに関わるコントローラ
│ └─ users.js
│
├─ tmp/ 一時ファイルを配置するディレクトリ
│ └─ ...
│
├─ validator/ validatorのアセットを設置するディレクトリ
│ ├─ biosample_validator.rb
│ ├─ organism_package_validator.rb
│ ├─ conf/
│ ├─ data/
│ ├─ lib/
│ └─ sparql/
│
└─ views/ サーバサイドでのレンダリングに利用されるテンプレートディレクトリ
└─ index.ejs
- アプリケーションはMacOS(10.9)およびUbuntu 14.04.4LTSで動作確認を行っています。
- アプリケーションの起動には以下ライブラリが必用です。
- node.js
- ruby
- libxml2 (apt-get install)
- libxml2-dev (apt-get install)
- forever (npm install)
- libxmljs (npm install)
- node-gyp (npm install -g)
Webアプリケーションは3000番のportを利用します。下記の様なアドレスでローカルで起動したアプリケーションを利用することができます。
例）
http://localhost:3000
配布するコンテナなどでは、nginxによるリバースプロキシの適応を予定しています。
validatorから返却されたerror responseはmongodbに保存されます。同一の接続でユーザが選択したアノテーションの値についても、 返却されたエラーレスポンスと共に保存します。
{
"_id" : ObjectId("570a54f421afe15a63dfc250"),
"updateTime" : ISODate("2016-04-10T13:28:12.538Z"),
"original_file" : "SSUB000070.xml",
"method" : "biosample validator",
"error_size" : 1,
"error_res" : [ ], // エラーレスポンスをそのまま格納
"selected" : [{attribute_name: value} ], //値が変更されたattributeとvalueのセットを格納
"__v" : 0
}
ValidatorやWebアプリに更新があった場合には次のような手順で適用(デプロイ)します。
DDBJ内部で使用される常時起動しているVagrantのBoxの更新と、外部に配布されるVagrantのBoxを用意する必要があり、配布用の場合にはDDBJのDBにアクセスする機能をドロップする必要があります。
内部運用用Box更新(ddbj版)
外部配布用Box作成(public版)