BioProject

BioProject

• 大半は xsd によるチェック - xsd チェック結果はメッセージが分かりにくい
• tsv で内容を一カ所で入力する BioSample と異なり、入力内容が複数タブ General Info, Project Type, Target, Publication に分かれている ので XML を合成する必要がある - validator にかけるタイミングは?
  → 次期システムでは１タブにまとめる
• locus tag prefix 予約機能 (新しい NCBI REST) は BioSample に移す

プロジェクトの内容

• Project name* - sample name のような内部参照用 (アカウント単位でユニーク)、ウェブでは任意?
• Project title* - title + description 他登録と一致で重複登録のワーニング
• Project description* - 100 characters 以上 (廃止予定)
• Project data type* - CV から複数選択、other で内容フリーテキストで記載
• Relevance - CV, Other で内容をフリーテキストで記載
• PubMed ID - BioSample と同様
• DOI - BioSample と同様
• free-form citation - 構造化した記載をやめフリーテキストで論文名を記載してもらう (今時 DOI ないのある？)
• Umbrella BioProject - 新規導入、primary の umbrella への紐づけ、自アカウントの Umbrella から選択
• Grants
  • Grant ID
  • Grant title
  • Agency
  • Agency abbr.
• Sample scope* - CV から選択、multi-species で organism 任意
• Organism - species レベル以上を許容
• Strain
• Breed
• Cultivar
• Isolate name
• Label
• Organism description
• External links
  • Link description
  • URL
• Attributes - 新規導入、自由にキーワードを付けてもらう
  • tag
  • value

最後の Overview

• Private comments to DDBJ staff - XML には入らない、日本語許容

移動・廃止

• consortium - submission タブへ
• material
• capture
• methodology
• objective
• locus tag prefix - BioSample へ移行
• General properties - 対象生物の性質を記載する項目、BioSample と重複しているので廃止