Hw4 bobkov #8

GlebBobkov · 2023-09-30T13:23:33Z

No description provided.

Hw4 bobkov

Add verify function and is_protein and strink_check subfunctions

…4_Bobkov

Picture with English file name

Correct minor spelling and wording errors

nvaulin

Привет,

❗️ Напоминание напомнить всем членам команды посмотреть фидбек.

Неплохая работа, общие комментарии:

Хорошие названия коммитов, хотя в какой то момент времени были прболемки. Например, это что?:) folder
Очень хороший README по содержанию. Прям как надо. 2 момента
- Чуть у вас немного сбивают с толку большое количество похожих заголовков. Где как будто бы весь текст это только заголовки
- Не все примеры из README работают)) Это плохо
По коду в целом нормально. Есть некоторые проблемки

Нейминги, пустые строки, пробелы. Где то я обращал на это внимание, но не везде. Проверьте это каким нибудь линтером автоматическим.
Словари со всякой инфой про белки лучше было бы вынести в константы. Если что см. конслуьтацию 03.10.23
Где то у вас функции совсем простого или однотипного содержания. А еще для сравнения строк можно их просто сравинать через ==.
Было бы здорово поддерживать и 1буквенный и 3буквкенный ввод. Все таки зачастую люди помнят именно 3буквенные обозначения.
Формат вывода:
- В разных функциях разный. Это не хорошо. Где то список, где то словарь. Лучше одинаково чтобы было
- Оптимально мне кажется было бы выводить словарем, где ключ - это введенное значение, а значение словаря - это результат. Который может быть строкой, числом, словарем - что нужно. Да, даже если это будет словарь из словарей.
- По вводу тоже у вас небольшая путаница. Все таки лучше всякие специальные вещи типа паттерна и т п принимать не в числе позиционных и вычлинять оттуда, а сразу именованно
- У вас были места где вы итерируетесь по индексам, хотя можно было бы сразу по элементам
- Были некоторые проблемы с логикой кое-где (очень похожий функционал повторяется, функции и словарем и if-else, избыточное итерирование по индексам, какие-то мудреные вложенные конструкции которые не всегда очевидно читаются)

Баллы:

README 2.4/2.5
Операции:
- compare 0.5/1.5, не удалось запустить как в примере в README
- pattern 0.5/1.5, не удалось запустить как в примере в README
- остальные 1.5*3 = 4.5/4.5

Кое-где нет аннотации типов: -0.0001
Проблемы с неймингами: -0.5
Проблемы с проблеами и пустыми строками: -0.2
За логику -0.3
+0.2 за то что глубоко проработаны ошибки, но там есть что еще улучшить)
+0.2 за фото команды в README

Итого: 7.3 балла

nvaulin · 2023-10-04T11:57:21Z

HW4_Bobkov/README.md

+### :warning: Attention:
+### 1)>  The programm is register-dependent.
+### 2)>  Before using some of the options read 'Procedures description' carefully.
+### 3)>  If you input sequenses or 'options' incorrectly, the program will provide you with helpful error messages. 


Кажется тут немного перебор с оформлением)

nvaulin · 2023-10-04T11:57:30Z

HW4_Bobkov/README.md

@@ -0,0 +1,120 @@
+# protein_tools.py 


Классное README!

nvaulin · 2023-10-04T11:58:12Z

HW4_Bobkov/README.md

+
+**list of options:**
+
+- 'compare' - Compare amino acids between reference sequence and other sequences;


Тут можно было бы сделать не одинарные кавычки, а штрихи (на букве Ё) чтобы оформить эти опции как код.

Suggested change

- 'compare' - Compare amino acids between reference sequence and other sequences;

- `compare` - Compare amino acids between reference sequence and other sequences;

nvaulin · 2023-10-04T11:59:43Z

HW4_Bobkov/README.md

+# Procedures description
+## compare
+### Introduction


Понимаю что вы шли просто последовательно по заголовкам разного уровня. Но итогово опять же выглядит немного перегруженно.

nvaulin · 2023-10-04T12:00:18Z

HW4_Bobkov/README.md

+## compare
+### Introduction
+The **compare** procedure compares the first amino acid sequence provided with the following ones.
+### Inputs


Я бы эти штуки оформил не как заголовки, а просто жирным.
По в любом случае структура хорошая

nvaulin · 2023-10-04T14:49:59Z

HW4_Bobkov/protein_tools.py

+
+def protein_tool(*proteins, options = None):
+    proteins = list(proteins)
+    verify(proteins, options)


Очень круто что вы сделали такой чекер ввода. Это хорошо.
Но я пока читал его совсем в нем потерялся. if внутри elif внутри for внутри elif. Жуть. Может попробовать как то поработать над структурой. Например вижу что вы можете кое-где итерироваться не по индексам а сразу по элементам. Это уже сильно упростит читаемость.
Но с другой стороны хорошо что прям такие ошибки подробные расписаны. Любой пользователь был бы за это благодарен.

nvaulin · 2023-10-04T14:56:03Z

HW4_Bobkov/protein_tools.py

+    operations = {
+        'compare': compare,
+        'length': count_length,
+        'percentage': count_percentage,
+        'pattern': find_pattern,
+        '3Letter_name': rename_three_letter_name,
+        'DNA_code': transform_to_DNA_code
+    }
+
+    if options == 'compare':
+        result = operations[options](proteins[:-2], proteins[-2], proteins[-1])
+        return (result)
+    elif options == 'pattern':
+        result = operations[options](proteins[1:len(proteins)],proteins[0])
+        return (result)
+    elif options == '3Letter_name':
+        result = operations[options](proteins[:-1], proteins[-1])
+        return (result)
+    elif options == 'length' or options =='percentage' or options == 'DNA_code':
+        result = []
+        for protein in proteins:
+            res = operations[options](protein)
+            result.append(res)
+        return (result)
+    else:
+        raise ValueError('Incorrect options input, please try again')


Ахах, ну не, смотрите. У всех методов есть область применимости. Кое где словари хороши, кое где нет. У вас тут у каждой функции свой набор аргументов. Поэтому получается вообще нет смысла писать через словари. Просто if-else и там вызываете нужную функцию.
Либо словари либо if-else. Тут очевидно нужен второй вариант.

nvaulin · 2023-10-04T14:56:35Z

HW4_Bobkov/protein_tools.py

+    else:
+        raise ValueError('Incorrect options input, please try again')
+
+protein_tool()


Не надо было эту функцию тут вызывать. Тем более зачем? Она же без аргументов и не работает

nvaulin · 2023-10-04T14:57:21Z

HW4_Bobkov/protein_tools.py

+            result.append(res)
+        return (result)
+    else:
+        raise ValueError('Incorrect options input, please try again')


Я бы это вынес в начало тоже в проверку аргументов, что опция есть в списке опций. Чтобы разнести логику проверок и работы.

nvaulin · 2023-10-04T15:04:27Z

HW4_Bobkov/README.md

+```python
+protein_tool('wWGPdPA', '', options = '3Letter_name') # ['trpTRPGLYPROaspPROALA']
+protein_tool('LAlLAlwWGPdPA', '-', options = '3Letter_name') # ['LEU-ALA-leu-LEU-ALA-leu-trp-TRP-GLY-PRO-asp-PRO-ALA']
+protein_tool('RRRrrrR', 'WGPdPA', 'LAlLAlw', options = 'percentage') # [{'R': 57.14, 'r': 42.86}, {'P': 33.33, 'W': 16.67, 'G': 16.67, 'd': 16.67, 'A': 16.67}, {'L': 28.57, 'A': 28.57, 'l': 28.57, 'w': 14.29}]


этого тут не должно быть вроде

Gleb Bobkov and others added 30 commits September 28, 2023 21:17

Create file protein_tools.py

299cd03

Add main function

e5cae11

Add optionds placeholder

8e0ed9b

Add compare function

3eede33

Add function count_length for length option

1bf4f43

Correct if else structure for find_pattern function

f025570

Add find_pattern and supporting compare_pattern functions

6917d98

Add function transform_to_DNA_code for plasmid_code

ad7bf5b

Change the key name plasmid_code to DNA_code

843eb68

Merge pull request #1 from zmitserbio/HW4_Bobkov

fa17b0d

Hw4 bobkov

Add count_percentage function

d2b0584

Add rename_three_letter_name function

b7a67dc

Fix rename_three_letter_name function

441b615

Merge pull request #2 from Olga-Bagrova/HW4_Bobkov

6574d2c

Hw4 bobkov

Fix function transform_to_DNA_code

1e2fd63

Fix function rename_three_letter_name

968a091

Fix 2 annotation and key for function DNA_transform

fea73ed

Fix 2 last elif call in main function

4ef3eac

Fix key name of persantage

80be85d

Add verify function and is_protein and strink_check subfunctions

5f2770d

Update README.md

c54a7ae

Update README.md

627721b

Update README.md

fec205a

Merge pull request #3 from zmitserbio/HW4_Bobkov

26f6b8b

Add verify function and is_protein and strink_check subfunctions

Update README.md

61eed0b

Update README.md

5891196

add folder HW4_Bobkvo with files

4a80750

folder

6b78362

add new folder again and remobe old version

b0f927d

add files to new fold

da10f7b

Gleb Bobkov and others added 27 commits September 30, 2023 17:58

finally i delited files_copies

612dceb

Update README.md

4cda1c1

Update README.md

1aa6619

Add files via upload

763eb0d

Update README.md

d91ccdd

Update README.md

fb74369

Update README.md

a15a4c3

Update README.md

a730b35

Change main() to protein_tool()

3a6fbc8

Merge branch 'HW4_Bobkov' of github.com:GlebBobkov/HW4_Bobkov into HW…

859fead

…4_Bobkov

Update README.md

1e5c186

Update README.md

12fc927

Update README.md

84d8b4b

Update README.md

28f2075

Update README.md

fdd87f5

Update README.md

f0cb458

Update README.md

b683dd9

Update README.md

04de74f

Update README.md

ce992ed

Update README.md

06ff93d

Correct minor spelling and wording errors

b6bd43c

Upload find_pattern() explanation picture

0f37939

Merge branch 'GlebBobkov:HW4_Bobkov' into HW4_Bobkov

4b820d7

Delete function explanation picture

af86f0d

Upload find_pattern() explanation picture

d40e3e9

Picture with English file name

Merge pull request #4 from zmitserbio/HW4_Bobkov

5f83179

Correct minor spelling and wording errors

Update README.md

ab3d60c

nvaulin reviewed Oct 4, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

Uh oh!

Hw4 bobkov #8

Hw4 bobkov #8

Uh oh!

GlebBobkov commented Sep 30, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment •

edited

Loading

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

Uh oh!


		list of options:

		- 'compare' - Compare amino acids between reference sequence and other sequences;

	- 'compare' - Compare amino acids between reference sequence and other sequences;
	- `compare` - Compare amino acids between reference sequence and other sequences;

Hw4 bobkov #8

Are you sure you want to change the base?

Hw4 bobkov #8

Uh oh!

Conversation

GlebBobkov commented Sep 30, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment • edited Loading Uh oh! There was an error while loading. Please reload this page.

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Баллы:

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Uh oh!

nvaulin left a comment •

edited

Loading