HW4 Zolotikov #10

glitchheadgit · 2023-09-30T15:33:02Z

Team:

Dorzhi Badmadashiev: to_rna, define_charge functions
Ustin Zolotikov: to_dna, define_polarity functions
Margarita Beskrovnaia: main, is_correct_seq, change_abbreviation functions

Hw4 zolotikov

Add main, change abbreviation and check sequence function

Delete List import from typing

Update README

… move files in new dir

Create dir HW4_Zolotikov

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:09Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+from typing import Dict, List, Union
+
+# Dorzhi
+def to_rna(seq: str, rna_dict: Dict[str, str] = {'F': 'UUY', 'L': 'YUN', 'I': 'AUH', 'M': 'AUG',


Словарь стоило бы вынести как константу

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:10Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+                              'V': 'GUN', 'S': 'WSN', 'P': 'CCN', 'T': 'ACN',
+                              'A': 'GCN', 'Y': 'UAY', 'H': 'CAY', 'Q': 'CAR',
+                              'N': 'AAY', 'K': 'AAR', 'D': 'GAY', 'E': 'GAR',
+                              'C': 'UGY', 'R': 'MGN', 'G': 'GGN', 'W': 'UGG'}) -> str:
+  """
+  Converts an amino acid sequence into an RNA sequence.
+
+  Parameters
+  ----------
+  seq : str
+      Amino acid sequence.
+  rna_dict : dict
+      Dictionary defining the correspondence of amino acids 
+      to RNA triplets (default, standard code).
+  Returns
+  -------
+  str
+      RNA sequence.
+
+  """
+  result = ''.join(rna_dict[base] for base in seq)
+  return result


👍👍👍 за суть операции,
но что случилось с отступами?

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:11Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  return result
+
+
+def define_charge(seq: str, positive_charge: List[str] = ['R', 'K', 'H'],


Тут также словарь является константой, зачем его переопределять при каждом вызове функции?

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:13Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+      List of amino acids with positive charge (default is ['R', 'K', 'H']).
+  negative_charge : list
+      List of amino acids with negative charge (default is ['D', 'E']).


Использование списка как типа данных для поиска менее эффективно по скорости, чем множества. К тому же непонятно, зачем делать его аргументом функции - вряд ли пользователь захочет ввести свои, другие данные

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:14Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  positive_count = 0
+  negative_count = 0
+  neutral_count = 0
+
+  for aa in seq:
+    if aa in positive_charge:
+      positive_count += 1
+    elif aa in negative_charge:
+      negative_count += 1
+    else:
+      neutral_count += 1
+
+    result = {
+        'Positive': positive_count,
+        'Negative': negative_count,
+        'Neutral': neutral_count
+    }
+  return result


Хорошее разбиение кода пустыми строками на смысловые участки, хороший вывод
С отступами проблема

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:15Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+POLAR_AA = {'D', 'E', 'R', 'K', 'H', 'N', 'Q', 'S', 'T', 'Y', 'C'}
+NONPOLAR_AA = {'A', 'G', 'V', 'L', 'I', 'P', 'F', 'M', 'W'}


Здорово, что тут переменные являются константами, и названы корректно! 🔥
Для задач поиска, кстати, больше подходят именно сеты, а не списки 🔥🔥🔥

На самом деле, можно было бы просто задать множества положительно, отрицательно и нейтрально заряженных полярны аминокислот, и отдельно неполярных аминокислот как константы

Для предыдущей функции эти константы можно было бы тоже эффективно использовать, и не множить сущности в коде

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:16Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+    polarity_count = {'Polar': 0, 'Nonpolar': 0}
+    for aminoacid in seq:
+        if aminoacid in POLAR_AA:
+            polarity_count['Polar'] += 1
+        else:
+            polarity_count['Nonpolar'] += 1
+    return polarity_count


pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:18Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+                             'GLY':'G', 'HIS':'H', 'ILE':'I', 'LYS':'K', 'LEU':'L',
+                             'MET':'M', 'ASN':'N', 'PRO':'P', 'GLN':'Q', 'ARG':'R',
+                             'SER':'S', 'TRE':'T', 'VAL':'V', 'TRP':'W', 'TYR':'Y'}
+AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',


А можно было бы объединить сеты :)

Suggested change

AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',

AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = POLAR_AA.union(NONPOLAR_AA)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:19Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',
+                          'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V',
+                          'W', 'Y'}
+AMINO_ACIDS_THREE_LETTER = {'ALA', 'CYS', 'ASP', 'GLU', 'PHE',


Ну или же для получения этого множества и множества выше, взять отдельно ключи и значенися словаря ABBREVIATION_THREE_TO_ONE

Зачем вводить все вручную, если можно накодить?)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:20Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+                             'MET', 'ASN', 'PRO', 'GLN', 'ARG',
+                             'SER', 'TRE', 'VAL', 'TRP', 'TYR'}
+
+import sys


Все импорты должны быть вверху

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:22Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  unique_amino_acids = set(seq)
+  unique_amino_acids_three = set(seq.split("-"))
+  check = unique_amino_acids <= AMINO_ACIDS_ONE_LETTER or unique_amino_acids_three <= AMINO_ACIDS_THREE_LETTER
+  return check


Проблема с отступами;
советую использовать методы множеств

Suggested change

unique_amino_acids = set(seq)

unique_amino_acids_three = set(seq.split("-"))

check = unique_amino_acids <= AMINO_ACIDS_ONE_LETTER or unique_amino_acids_three <= AMINO_ACIDS_THREE_LETTER

return check

unique_amino_acids = set(seq)

unique_amino_acids_three = set(seq.split("-"))

check = unique_amino_acids.issubset(AMINO_ACIDS_ONE_LETTER) or unique_amino_acids.issubset(unique_amino_acids_three) <= AMINO_ACIDS_THREE_LETTER

return check

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:23Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+      If several sequences are supplied, outputs the result as a list.
+
+  """
+  *seqs, operation = args


Операцию над последовательностью в идеале можно сделать именованным аргументом, и тогда можно обойтись без усложнения в виде распаковки)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:25Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+
+  """
+  *seqs, operation = args
+  operations = {'one letter':change_abbreviation, 'RNA':to_rna, 'DNA':to_dna, 'charge':define_charge, 'polarity':define_polarity}


Тоже стоит вынести как константу

(отступы грустят)

pavlovanadia · 2023-10-03T19:21:26Z

HW4_Zolotikov/protein_tool.py

+  operations = {'one letter':change_abbreviation, 'RNA':to_rna, 'DNA':to_dna, 'charge':define_charge, 'polarity':define_polarity}
+  output = []
+  for seq in seqs:
+    answer = is_correct_seq(seq.upper())


Нейминг: скорее это не ответ, а проверка, лучше назвать переменную input_check

pavlovanadia · 2023-10-03T19:22:17Z

Хорошая работа! Мне очень понравилась, особенно ридми. Очень советую для следующих командных заданий активнее взаимодействовать по тем кускам кода, которые могут использоваться всеми членами команды)

README:

Отличное README! Указаны и возможные операции, и какие типы данных принимаются, и какие возвращаются, и примеры использования.

Код:

Хорошая типизация и докстринг
По сути кода: гидрофобные аминокислоты мы не можем называть нейтральными (за это баллы не снимаются)
Беда с отступами, 4 пробела есть не у всех функций, это прямо 😭
В коде очень много повторов, в частности, константных переменных (в некоторых функциях, к тому же, они являются даже не константами, а аргументами). Возникает ощущение не очень согласованной командной работы, словно не получилось договориться о пространстве используемых переменных и вынести их в константы, чтобы код был оптимален
Логичнее в целом константы определить в самом начале кода, а не вводить между функциями (в будущем для структуры программы учитывайте)
К логике и структуре кода (вот это замечание уже серьезнее): все импорты нужно писать в самом начале кода

Итог:

README - 2.5 балла (🔥) + 0.2 балла за командное фото
to_rna, define_charge, change_abbreviation - по 1 баллу (отступы)
define_polarity, to_dna - по 1.5 балла
-0.2 балла за отступы в функции protein_tool
-0.1 балл за импорт в середине кода
-0.1 балл за константы не после импортов, а в середине кода
UPDATE -0.5 за то, что README не в папке, прошу прощения, просмотрела при первом ревью
Итог: 7.8

glitchheadgit and others added 27 commits September 28, 2023 00:02

Create HW4_Zolotikov

b22ea48

Add to_rna function

69aab65

Add define_charge function

ae5c637

Create README.md to_rna and define_charge parts

9b314eb

Add to_dna, define_polarity functions

86127fe

Merge branch 'HW4_Zolotikov' into HW4_Zolotikov

86d1d11

Merge pull request #1 from dorzhi-b/HW4_Zolotikov

59e1fdc

Hw4 zolotikov

Fix define_polarity function

1b80718

Add main, change abbreveation and check sequence function

2a9e3b4

Merge pull request #2 from BeskrovnaiaM/HW4_Zolotikov

2c68ee9

Add main, change abbreviation and check sequence function

Modify to_dna, define_polarity functions

25e3f80

Modify to_dna, define_polarity functions

65d915f

Update README.md

b0a4d82

Update HW4_Zolotikov

952fae5

Delete List import from typing

Update README.md

185e764

Add team's photo

4efc0e8

Update README.md with photo

5c0687a

Merge pull request #3 from BeskrovnaiaM/HW4_Zolotikov

b6c003c

Update README

Create dir HW4_Zolotikov, rename HW4_Zolotikov to protein_tool.py and…

85382ee

… move files in new dir

Update README.md

df3007d

Merge branch 'glitchheadgit:HW4_Zolotikov' into HW4_Zolotikov

648e276

Update README.md

0e82b72

Update README.md

e193533

Update README.md

f76d7a2

Merge pull request #4 from BeskrovnaiaM/HW4_Zolotikov

9e59966

Create dir HW4_Zolotikov

Update typing protein_tool.py

a537b98

Update README.md

d5716f4

pavlovanadia reviewed Oct 3, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

Uh oh!

HW4 Zolotikov #10

HW4 Zolotikov #10

Uh oh!

glitchheadgit commented Sep 30, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia Oct 3, 2023

Uh oh!

pavlovanadia commented Oct 3, 2023 •

edited

Loading

Uh oh!

Uh oh!

		return result


		def define_charge(seq: str, positive_charge: List[str] = ['R', 'K', 'H'],

		POLAR_AA = {'D', 'E', 'R', 'K', 'H', 'N', 'Q', 'S', 'T', 'Y', 'C'}
		NONPOLAR_AA = {'A', 'G', 'V', 'L', 'I', 'P', 'F', 'M', 'W'}

	AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = {'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K',
	AMINO_ACIDS_ONE_LETTER = POLAR_AA.union(NONPOLAR_AA)

HW4 Zolotikov #10

Are you sure you want to change the base?

HW4 Zolotikov #10

Uh oh!

Conversation

glitchheadgit commented Sep 30, 2023

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

pavlovanadia commented Oct 3, 2023 • edited Loading Uh oh! There was an error while loading. Please reload this page.

Uh oh!

Uh oh!

Uh oh!

pavlovanadia commented Oct 3, 2023 •

edited

Loading