art2gui

#!/bin/bash
# art2gui - a script to execute Babak Ardekani's art2 registration
# toolbox in GUI mode via Docker, where mounted path is stored in
# /data

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# Define default variables
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fpath=$HOME
d_tag="art"  # default docker container

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# Command line help
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usage()
{
    echo "Bash script to execute art2 in GUI mode using docker"
    echo ""
    echo "Usage:"
    echo "  art2gui [-t --tag <container name>] [-m --mount <directory to make available>] [-h --help]"
    echo ""
    echo "Parameters:"
    echo "  -t, --tag:   ARTdock docker container name; default: art"
    echo "  -m, --mount  directory to mount within Docker; default: none"
    echo "  -h, --help   print help doc"
    echo ""
    echo "GitHub: https://github.com/m-ama/ARTDock"
    echo "Report issues at: https://github.com/m-ama/ARTDock/issues"
    echo ""
    echo "Copyright 2020. MUSC Advance MRI Analysis (MAMA)"
}

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# Parse input parameters
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while [ "$1" != "" ]; do
    case $1 in
        -t | --tag )            shift
                                d_tag=$1
                                ;;
        -m | --mount )          shift
                                fpath=$1
                                ;;
        -h | --help )           usage
                                exit
                                ;;
        * )                     usage
                                exit 1
    esac
    shift
done

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# Execute code
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echo "ARTDock GUI for Mac"
echo ""
echo "Running Docker container:" $d_container
echo $fpath "mounted at /data"
echo ""

# allow access from localhost
xhost + 127.0.0.1

# run art2 in ARTDock with X11 forwarding
docker run -d --rm \
-e DISPLAY=host.docker.internal:0 \
-v $fpath:/data \
$d_tag art2