diff --git a/Late adults stats pipeline/DRrequiredAgeing/DRrequiredAgeingPackage/R/sideFunctions.R b/Late adults stats pipeline/DRrequiredAgeing/DRrequiredAgeingPackage/R/sideFunctions.R index 40af271..13cacd5 100644 --- a/Late adults stats pipeline/DRrequiredAgeing/DRrequiredAgeingPackage/R/sideFunctions.R +++ b/Late adults stats pipeline/DRrequiredAgeing/DRrequiredAgeingPackage/R/sideFunctions.R @@ -25,65 +25,6 @@ noSexes0 = function(obj){ return(r) } -# Behaviour parameters -BehviourParamters = function(x, ...) { - r = c( - "IMPC_ACS_006_001", - "IMPC_ACS_033_001", - "IMPC_ACS_034_001", - "IMPC_ACS_035_001", - "IMPC_ACS_036_001", - "IMPC_ACS_037_001", - "IMPC_CSD_026_001", - "MGP_CSD_064_001", - "IMPC_CSD_029_001", - "IMPC_CSD_030_001", - "MGP_CSD_007_001", - "IMPC_CSD_032_001", - "IMPC_CSD_033_001", - "MGP_CSD_005_001", - "IMPC_CSD_036_001", - "MGP_CSD_008_001", - "IMPC_CSD_037_001", - "IMPC_CSD_038_001", - "MGP_CSD_003_001", - "IMPC_CSD_039_001", - "MGP_CSD_002_001", - "IMPC_CSD_077_001", - "MGP_CSD_011_001", - "IMPC_CSD_078_001", - "IMPC_CSD_079_001", - "IMPC_CSD_080_001", - "MGP_CSD_012_001", - "IMPC_FEA_003_001", - "IMPC_FEA_009_001", - "IMPC_FEA_015_001", - "IMPC_FEA_021_001", - "IMPC_GRS_008_001", - "IMPC_GRS_009_001", - "JAX_HBD_001_001", - "IMPC_LDT_001_001", - "JAX_LDT_001_001", - "IMPC_LDT_006_001", - "IMPC_LDT_007_001", - "JAX_LDT_008_001", - "JAX_LDT_006_001", - "IMPC_OFD_007_001", - "IMPC_OFD_009_001", - "IMPC_OFD_014_001", - "IMPC_OFD_020_001", - "IMPC_OFD_022_001", - "JAX_ROT_002_001", - "ICS_ROT_002_001", - "HMGU_ROT_002_001", - "JAX_ROT_004_001", - "JAX_TLS_001_001" - ) - return(r) -} - - - # Objects that must be removed at each iterations ObjectsThatMustBeRemovedInEachIteration = function(x = NULL, ...) { if (is.null(x)) { @@ -244,18 +185,6 @@ MeanVarOverTime = function(mm, tt, data = phenlistObject@datasetPL) { } } -IsInBlackListCategories = function(x, len = 1, blackList = NULL) { - note = NULL - if (!is.null(blackList) && !is.numeric(x) && nlevels(x) == len) { - r = levels(x) %in% blackList - note = 'The categorical variable has only one level that is found in the skip list' - } else{ - r = FALSE - } - return(list(result = r, note = note)) -} - - # MergeLevels = function(x , listOfLevelMaps , @@ -526,31 +455,6 @@ is.ABR = function(x) { length(grep("_ABR", x, fixed = TRUE)) > 0 } -# Is this a 3I screen -is.3i = function(x) { - length( - grep( - "MGP_BCI|MGP_PBI|MGP_ANA|MGP_CTL|MGP_EEI|MGP_BMI|MGP_MLN|MGP_IMM|MGP_BHP|MGP_MIC", - x, - fixed = FALSE - ) - ) > 0 - -} - -# Exception map -getException = function(parameter, - exceptionMap = NULL) -{ - matched001 = sapply(names(exceptionMap), grepl, parameter) - if (sum(matched001) > 0) { - result = FALSE - } else{ - result = TRUE - } - return(result) -} - # Method map getMethodi = function(var, type = 'numeric', @@ -842,14 +746,6 @@ RemoveSpecialChars = function(x, return(r) } - -# Create sub directory from a url if does not exist -CreateSubDirIfNotExist = function(x) { - base = dirname(x) - dir.create0(base) - return(x) -} - # Unique and not NULL UniqueAndNNull = function(x, removeSpecials = TRUE, @@ -877,56 +773,12 @@ UniqueAndNNull = function(x, return(x) } -# remove useless characters -removeNAPipe = function(x, - pattern = 'NA', - replacement = '') { - x = na.omit(x) - if (length(x) > 0) - x = gsub( - pattern = pattern, - replacement = replacement, - x = x, - fixed = FALSE - ) - return(x) -} - - # as.numeric with quote! as.numeric0 = function(x, ...) { r = suppressWarnings(as.numeric(x, ...)) return(r) } -# is.numeric with quote! -is.numeric0 = function(x) { - r0 = is.na(as.numeric0(x)) - r1 = is.na(x) | (x %in% c('na', 'NA', 'TRUE', 'FALSE')) - r = r0 | r1 - return(!r) -} - -## solve "}"] and [" -RemoveTwoSpecialFromOutput = function(x) { - ind = grepl(pattern = '{', - x = x, - fixed = TRUE) - for (i in 1:length(x)) { - if (!ind[i]) { - x[i] = paste( - ifelse(length(x[i]) > 1, '[', ''), - ifelse(is.numeric0(x[i]), as.numeric0(x[i]), paste0('"', x[i], '"')), - ifelse(length(x[i]) > 1, ']', ''), - sep = '' - ) - } else{ - x[i] = paste('{', x[i], '}', sep = '') - } - } - return(x) -} - ### removeObject if exist rm0 = function(x, silent = FALSE) { x = unique(x) @@ -1216,23 +1068,6 @@ varsInColsOrReturn = function(x, vars, retValue = NULL) { return(r) } -FlatteningTheSummary = function(x, name = 'Raw data summary statistics') { - rs = lapply(x[[name]], function(y) { - y[1] - }) - rs1 = unlist(rs) - r1 = c(min(rs1), - max(rs1), - mean(rs1), - median(rs1), - sd(rs1), - names(rs)[(which.min(rs1))], - names(rs)[(which.max(rs1))]) - r2 = paste(sort(paste(names(rs) , rs1, sep = '=')), collapse = '~', sep = - '~') - return(c(r1, r2)) -} - SummaryStatisticsOriginal = function(x, depVar, sex = 'sex', @@ -1481,16 +1316,6 @@ ReadFactorLevelsFromSolr = function(parameter, return(list(levels = unique(trimws(fLevels)), note = note)) } -# Fast replacement of nulls -replaceNull = function(x, replace = '-') { - if (length(x) > 1) { - x[is.null(x)] == replace - } else{ - x = replace - } - return(x) -} - mapLevelsToFactor = function(levels, newlevels, name = 'response') { ############# res = NULL @@ -1759,22 +1584,6 @@ plot_win = function(phenlistObject, r, depVariable, check, ...) { } } - -detach_package <- function(pkg, character.only = FALSE) -{ - if (!character.only) - { - pkg <- deparse(substitute(pkg)) - } - search_item <- paste("package", pkg, sep = ":") - while (search_item %in% search()) - { - detach(search_item, - unload = TRUE, - character.only = TRUE) - } -} - # boxplot for window boxplot_win = function(phenlistObject, we, threshold, ...) { boxplot( @@ -1787,24 +1596,6 @@ boxplot_win = function(phenlistObject, we, threshold, ...) { ) } -# make JSON vector (with [ or not) -SingleOrMore = function(name, value, comma = FALSE) { - NewVal = ifelse( - is.numeric(value), - paste0(value, collapse = ', '), - paste0('"', value, '"', collapse = ', ') - ) - if (length(value) > 1) { - outp = paste0('"', name, '":[', NewVal, ']', collapse = '') - } else{ - outp = paste0('"', name, '":', NewVal, '', collapse = '') - } - if (comma) - outp = paste(outp, ', ', sep = '', collapse = '') - return(outp) -} - - # cut the filename is it is too long CutFileNameIfTooLong = function(fullPath, max = 255, @@ -2291,18 +2082,6 @@ VectorOutput0 = function(c.ww0, # return(x) # } -# Area under the curve -AUC = function(x, y) { - lx = length(x) - s = 0 - if (lx > 1) { - for (i in 1:(lx - 1)) { - s = s + abs(y[i] + y[i + 1]) * abs(x[i + 1] - x[i]) / 2 - } - } - return(s) -} - # Chunk a vector of in particular colonies into chunks (used mainly in Batch production) chunkVector = function(x, n = 10, @@ -2318,22 +2097,6 @@ chunkVector = function(x, return(r) } -# Plan B for JSON not quouted keys! -checkQouteNAandNaN = function(pattern, replacement, x, ignoreCase = FALSE) { - for (i in 1:length(pattern)) { - pt = pattern[i] - rep = replacement[i] - x = gsub( - pattern = pt, - replacement = rep, - x = x, - fixed = TRUE, - ignore.case = ignoreCase - ) - } - return(x) -} - # Add windowing weights and store the data again StoreRawDataAndWindowingWeights = function(storeRawData, activeWindowing , @@ -2944,1070 +2707,6 @@ mimicControls = function(df , )) } ### -ignoromeGenes = function() { - list = c( - "MGI:3512453", - "MGI:1914868", - "MGI:3625331", - "MGI:1347061", - "MGI:1913332", - "MGI:1913860", - "MGI:1926116", - "MGI:1914135", - "MGI:2386323", - "MGI:1919129", - "MGI:2385289", - "MGI:1890773", - "MGI:1924748", - "MGI:87911", - "MGI:2661081", - "MGI:1345162", - "MGI:2179942", - "MGI:2429637", - "MGI:2442875", - "MGI:1916320", - "MGI:2151118", - "MGI:99677", - "MGI:108450", - "MGI:1277167", - "MGI:1925499", - "MGI:2441950", - "MGI:2675492", - "MGI:106675", - "MGI:2675256", - "MGI:1197012", - "MGI:2147658", - "MGI:2448704", - "MGI:1924809", - "MGI:1932075", - "MGI:87966", - "MGI:1316648", - "MGI:1338803", - "MGI:3041226", - "MGI:107796", - "MGI:1919785", - "MGI:1340024", - "MGI:1914039", - "MGI:1914731", - "MGI:1924753", - "MGI:1914917", - "MGI:87997", - "MGI:2151224", - "MGI:2444854", - "MGI:1096344", - "MGI:104837", - "MGI:1922680", - "MGI:1098673", - "MGI:1337008", - "MGI:1915673", - "MGI:1919865", - "MGI:3052714", - "MGI:1925726", - "MGI:101919", - "MGI:1919020", - "MGI:2141861", - "MGI:1929214", - "MGI:1337060", - "MGI:1336993", - "MGI:1930124", - "MGI:1915566", - "MGI:88059", - "MGI:1891066", - "MGI:99595", - "MGI:99433", - "MGI:1917747", - "MGI:2443687", - "MGI:1922654", - "MGI:2441869", - "MGI:1924919", - "MGI:1920591", - "MGI:1860493", - "MGI:2442308", - "MGI:3028577", - "MGI:1915496", - "MGI:1923959", - "MGI:1921442", - "MGI:107511", - "MGI:1334448", - "MGI:1913845", - "MGI:109384", - "MGI:105121", - "MGI:1924290", - "MGI:1929492", - "MGI:1354735", - "MGI:104653", - "MGI:1351597", - "MGI:2153480", - "MGI:1859660", - "MGI:1330826", - "MGI:108028", - "MGI:1341628", - "MGI:1099442", - "MGI:1919772", - "MGI:1338011", - "MGI:894678", - "MGI:3588200", - "MGI:1270862", - "MGI:2387643", - "MGI:2652819", - "MGI:1891372", - "MGI:2143311", - "MGI:1924210", - "MGI:1922986", - "MGI:1332238", - "MGI:1891828", - "MGI:2677212", - "MGI:1338017", - "MGI:101770", - "MGI:88169", - "MGI:2385271", - "MGI:88180", - "MGI:1101778", - "MGI:1916418", - "MGI:3045315", - "MGI:1915082", - "MGI:2146836", - "MGI:1890651", - "MGI:1338871", - "MGI:2442001", - "MGI:1920594", - "MGI:1913751", - "MGI:2141979", - "MGI:1916433", - "MGI:1925911", - "MGI:1923029", - "MGI:1914576", - "MGI:88227", - "MGI:1097680", - "MGI:3607716", - "MGI:1914181", - "MGI:2668347", - "MGI:88236", - "MGI:1352750", - "MGI:1920910", - "MGI:2444177", - "MGI:894644", - "MGI:1316660", - "MGI:1270839", - "MGI:1914338", - "MGI:2182269", - "MGI:1913208", - "MGI:2685431", - "MGI:2179723", - "MGI:1309469", - "MGI:1196251", - "MGI:1924106", - "MGI:1914327", - "MGI:107570", - "MGI:1309992", - "MGI:105369", - "MGI:88289", - "MGI:3512628", - "MGI:1924122", - "MGI:1923707", - "MGI:1289263", - "MGI:2685134", - "MGI:1289168", - "MGI:88340", - "MGI:1334419", - "MGI:1336885", - "MGI:2442676", - "MGI:106211", - "MGI:1929745", - "MGI:1915099", - "MGI:3588198", - "MGI:2685856", - "MGI:894318", - "MGI:88357", - "MGI:1921765", - "MGI:1278336", - "MGI:1919641", - "MGI:1332236", - "MGI:3505689", - "MGI:1098230", - "MGI:1349448", - "MGI:2684927", - "MGI:1917704", - "MGI:1923800", - "MGI:1914244", - "MGI:108084", - "MGI:1915511", - "MGI:1921451", - "MGI:1919199", - "MGI:2384581", - "MGI:1927237", - "MGI:1915817", - "MGI:2135796", - "MGI:99779", - "MGI:1919386", - "MGI:1931825", - "MGI:1913761", - "MGI:1914185", - "MGI:2444926", - "MGI:1346342", - "MGI:2385186", - "MGI:1930088", - "MGI:1929288", - "MGI:1917912", - "MGI:88421", - "MGI:2144529", - "MGI:1914047", - "MGI:3643623", - "MGI:1923428", - "MGI:1095396", - "MGI:2155345", - "MGI:104688", - "MGI:1916706", - "MGI:1349400", - "MGI:1915164", - "MGI:103226", - "MGI:105959", - "MGI:1923953", - "MGI:2135874", - "MGI:891996", - "MGI:109176", - "MGI:88513", - "MGI:88490", - "MGI:1347062", - "MGI:1860086", - "MGI:1298216", - "MGI:1340053", - "MGI:1351825", - "MGI:88562", - "MGI:1914535", - "MGI:103556", - "MGI:2387642", - "MGI:2685586", - "MGI:1316658", - "MGI:88607", - "MGI:1927669", - "MGI:2183535", - "MGI:2677061", - "MGI:1915039", - "MGI:1931838", - "MGI:1915337", - "MGI:1917890", - "MGI:102563", - "MGI:2444529", - "MGI:1343154", - "MGI:1919297", - "MGI:1919240", - "MGI:1346328", - "MGI:3036254", - "MGI:1196287", - "MGI:2442474", - "MGI:1916442", - "MGI:1920081", - "MGI:1918965", - "MGI:1914737", - "MGI:1354963", - "MGI:2447771", - "MGI:1918478", - "MGI:1921379", - "MGI:1914935", - "MGI:1931881", - "MGI:1921580", - "MGI:1915848", - "MGI:107384", - "MGI:1261827", - "MGI:3584043", - "MGI:1890621", - "MGI:1913882", - "MGI:1330238", - "MGI:1919357", - "MGI:104627", - "MGI:1922469", - "MGI:2685183", - "MGI:1922715", - "MGI:1858208", - "MGI:95281", - "MGI:1343498", - "MGI:95284", - "MGI:1915293", - "MGI:1924877", - "MGI:107444", - "MGI:99252", - "MGI:1924933", - "MGI:1916219", - "MGI:1313286", - "MGI:1890496", - "MGI:1343095", - "MGI:3576783", - "MGI:1315195", - "MGI:2142593", - "MGI:2444896", - "MGI:106645", - "MGI:1202295", - "MGI:1919340", - "MGI:1201683", - "MGI:97838", - "MGI:103582", - "MGI:1913321", - "MGI:1890682", - "MGI:3045306", - "MGI:1351611", - "MGI:1916889", - "MGI:1915376", - "MGI:2446163", - "MGI:1921116", - "MGI:1917613", - "MGI:2657115", - "MGI:1921192", - "MGI:2445194", - "MGI:3046463", - "MGI:1923676", - "MGI:1914000", - "MGI:1925188", - "MGI:2385126", - "MGI:1922869", - "MGI:1354738", - "MGI:3039600", - "MGI:1919429", - "MGI:1926014", - "MGI:1354708", - "MGI:1920223", - "MGI:95500", - "MGI:2147790", - "MGI:99501", - "MGI:1914362", - "MGI:95517", - "MGI:1919764", - "MGI:1913687", - "MGI:1336879", - "MGI:1932127", - "MGI:1925642", - "MGI:2443410", - "MGI:1858193", - "MGI:3028075", - "MGI:102949", - "MGI:1914004", - "MGI:106315", - "MGI:1194495", - "MGI:2442579", - "MGI:108076", - "MGI:1890391", - "MGI:1096879", - "MGI:1888513", - "MGI:108571", - "MGI:108460", - "MGI:2442040", - "MGI:95626", - "MGI:1926176", - "MGI:2429943", - "MGI:95678", - "MGI:3055306", - "MGI:1341724", - "MGI:95709", - "MGI:95710", - "MGI:1923847", - "MGI:95722", - "MGI:95718", - "MGI:2153041", - "MGI:1891112", - "MGI:2685452", - "MGI:1921748", - "MGI:107852", - "MGI:1891703", - "MGI:1919201", - "MGI:1289257", - "MGI:1934765", - "MGI:2685211", - "MGI:2139054", - "MGI:1891463", - "MGI:2685341", - "MGI:2685858", - "MGI:892973", - "MGI:1346334", - "MGI:2441763", - "MGI:105102", - "MGI:1914555", - "MGI:102683", - "MGI:95821", - "MGI:1351343", - "MGI:95862", - "MGI:2385191", - "MGI:2685307", - "MGI:2446110", - "MGI:1344360", - "MGI:2158340", - "MGI:1923858", - "MGI:2444115", - "MGI:2685817", - "MGI:106209", - "MGI:1196297", - "MGI:1889802", - "MGI:1352504", - "MGI:1314872", - "MGI:1314882", - "MGI:95929", - "MGI:95901", - "MGI:96112", - "MGI:2677838", - "MGI:96120", - "MGI:107159", - "MGI:101947", - "MGI:2678023", - "MGI:96171", - "MGI:107730", - "MGI:96193", - "MGI:96194", - "MGI:1919862", - "MGI:1859384", - "MGI:2685814", - "MGI:1333853", - "MGI:96239", - "MGI:1921627", - "MGI:3036260", - "MGI:1330288", - "MGI:1924292", - "MGI:1917625", - "MGI:1858745", - "MGI:96413", - "MGI:1924183", - "MGI:2683287", - "MGI:2429859", - "MGI:1915509", - "MGI:1890359", - "MGI:107973", - "MGI:3655979", - "MGI:99954", - "MGI:1338071", - "MGI:1342542", - "MGI:96538", - "MGI:109380", - "MGI:96541", - "MGI:103014", - "MGI:1333800", - "MGI:1890473", - "MGI:1924375", - "MGI:105304", - "MGI:96560", - "MGI:1917685", - "MGI:1927753", - "MGI:1917672", - "MGI:2442377", - "MGI:1922168", - "MGI:1352757", - "MGI:2677208", - "MGI:107420", - "MGI:2429603", - "MGI:1926262", - "MGI:1197515", - "MGI:1197522", - "MGI:2685110", - "MGI:109442", - "MGI:1096361", - "MGI:96654", - "MGI:3037820", - "MGI:1336208", - "MGI:2685627", - "MGI:1918269", - "MGI:2385276", - "MGI:2145579", - "MGI:99780", - "MGI:2667167", - "MGI:1919347", - "MGI:2669829", - "MGI:108426", - "MGI:1921054", - "MGI:107688", - "MGI:109564", - "MGI:1098269", - "MGI:109187", - "MGI:2444612", - "MGI:2445185", - "MGI:102849", - "MGI:107540", - "MGI:1923714", - "MGI:103561", - "MGI:2384899", - "MGI:3629975", - "MGI:96705", - "MGI:3690448", - "MGI:2143628", - "MGI:109321", - "MGI:1913758", - "MGI:1890494", - "MGI:104808", - "MGI:104576", - "MGI:96759", - "MGI:2685031", - "MGI:96778", - "MGI:1891214", - "MGI:1924819", - "MGI:1915671", - "MGI:1353635", - "MGI:1921392", - "MGI:108429", - "MGI:108424", - "MGI:96828", - "MGI:1919666", - "MGI:1916956", - "MGI:1342770", - "MGI:2389177", - "MGI:104797", - "MGI:96836", - "MGI:109151", - "MGI:99502", - "MGI:1914113", - "MGI:2443598", - "MGI:1346867", - "MGI:1346877", - "MGI:2444554", - "MGI:2444136", - "MGI:2443731", - "MGI:1333811", - "MGI:1333813", - "MGI:96924", - "MGI:1920977", - "MGI:1858420", - "MGI:1916245", - "MGI:98446", - "MGI:1922863", - "MGI:1914249", - "MGI:1917967", - "MGI:1924140", - "MGI:106477", - "MGI:1914819", - "MGI:1913697", - "MGI:1918127", - "MGI:1918398", - "MGI:1914277", - "MGI:1924015", - "MGI:1347361", - "MGI:1919891", - "MGI:1336894", - "MGI:97052", - "MGI:2146995", - "MGI:1927340", - "MGI:1924265", - "MGI:1196612", - "MGI:1913743", - "MGI:1915822", - "MGI:1915985", - "MGI:1913542", - "MGI:2684990", - "MGI:1329021", - "MGI:1342005", - "MGI:1338850", - "MGI:1923616", - "MGI:1928394", - "MGI:1915485", - "MGI:1915364", - "MGI:107624", - "MGI:101785", - "MGI:2183924", - "MGI:1919192", - "MGI:1341430", - "MGI:1915241", - "MGI:1915896", - "MGI:2138939", - "MGI:2180167", - "MGI:1196326", - "MGI:1289164", - "MGI:109186", - "MGI:1929915", - "MGI:109166", - "MGI:1341799", - "MGI:1914523", - "MGI:2443241", - "MGI:1933754", - "MGI:1920024", - "MGI:101784", - "MGI:3043305", - "MGI:1340031", - "MGI:1098547", - "MGI:1352751", - "MGI:1278343", - "MGI:2449121", - "MGI:1915074", - "MGI:1341898", - "MGI:108011", - "MGI:97363", - "MGI:99460", - "MGI:1924833", - "MGI:107605", - "MGI:1860130", - "MGI:1858233", - "MGI:2444210", - "MGI:97376", - "MGI:2183436", - "MGI:2385017", - "MGI:104750", - "MGI:2443642", - "MGI:2142581", - "MGI:1915243", - "MGI:1351500", - "MGI:2180849", - "MGI:97402", - "MGI:1919325", - "MGI:2139018", - "MGI:1328337", - "MGI:1930265", - "MGI:1916308", - "MGI:2147616", - "MGI:1918448", - "MGI:1919451", - "MGI:109147", - "MGI:2137026", - "MGI:1921441", - "MGI:2385206", - "MGI:1339975", - "MGI:2679420", - "MGI:1351623", - "MGI:1913699", - "MGI:1916207", - "MGI:1347094", - "MGI:1340806", - "MGI:2143990", - "MGI:2685692", - "MGI:1891832", - "MGI:1914933", - "MGI:1923998", - "MGI:1855700", - "MGI:1861733", - "MGI:1333863", - "MGI:97524", - "MGI:1916047", - "MGI:104864", - "MGI:2384308", - "MGI:2140945", - "MGI:97535", - "MGI:2677270", - "MGI:1344408", - "MGI:1914495", - "MGI:1924963", - "MGI:2181202", - "MGI:2441675", - "MGI:2446138", - "MGI:2443812", - "MGI:2140712", - "MGI:2156864", - "MGI:2444341", - "MGI:97577", - "MGI:97578", - "MGI:1916211", - "MGI:891978", - "MGI:1934659", - "MGI:1261910", - "MGI:3039607", - "MGI:1203729", - "MGI:1098772", - "MGI:1916193", - "MGI:2152214", - "MGI:1298224", - "MGI:1197006", - "MGI:1916867", - "MGI:1858231", - "MGI:104747", - "MGI:1351327", - "MGI:2445289", - "MGI:1333782", - "MGI:2443207", - "MGI:1270860", - "MGI:2154240", - "MGI:1859214", - "MGI:1920328", - "MGI:2180564", - "MGI:97740", - "MGI:1097163", - "MGI:2675617", - "MGI:97742", - "MGI:106687", - "MGI:1913411", - "MGI:1926321", - "MGI:105086", - "MGI:104740", - "MGI:1888712", - "MGI:1917475", - "MGI:104871", - "MGI:1919362", - "MGI:2685193", - "MGI:2387581", - "MGI:1321161", - "MGI:1920949", - "MGI:2442104", - "MGI:107171", - "MGI:102666", - "MGI:97753", - "MGI:2444067", - "MGI:2685844", - "MGI:103294", - "MGI:97602", - "MGI:2139971", - "MGI:3043083", - "MGI:1914479", - "MGI:1914171", - "MGI:3605764", - "MGI:1923810", - "MGI:2183441", - "MGI:1914339", - "MGI:1913284", - "MGI:1914248", - "MGI:1096367", - "MGI:1095405", - "MGI:102966", - "MGI:97801", - "MGI:97807", - "MGI:102694", - "MGI:1277956", - "MGI:2448514", - "MGI:2385107", - "MGI:104606", - "MGI:1915040", - "MGI:1201692", - "MGI:2442633", - "MGI:3652039", - "MGI:1922896", - "MGI:1921584", - "MGI:1921262", - "MGI:1923596", - "MGI:1918573", - "MGI:1914060", - "MGI:1099460", - "MGI:1861774", - "MGI:97879", - "MGI:96522", - "MGI:1931028", - "MGI:109406", - "MGI:97897", - "MGI:1098222", - "MGI:1914692", - "MGI:1913464", - "MGI:1918996", - "MGI:2179276", - "MGI:1921984", - "MGI:1918325", - "MGI:97930", - "MGI:1346341", - "MGI:1919206", - "MGI:1261771", - "MGI:2442859", - "MGI:1915045", - "MGI:104661", - "MGI:2141142", - "MGI:98038", - "MGI:98105", - "MGI:1921620", - "MGI:1924467", - "MGI:2136886", - "MGI:1917682", - "MGI:1858752", - "MGI:1913771", - "MGI:2153463", - "MGI:1339467", - "MGI:98223", - "MGI:1933169", - "MGI:2388100", - "MGI:2679336", - "MGI:2135937", - "MGI:1919443", - "MGI:103033", - "MGI:98250", - "MGI:1349165", - "MGI:1914195", - "MGI:2148802", - "MGI:1349635", - "MGI:1924621", - "MGI:1916858", - "MGI:1329016", - "MGI:1916941", - "MGI:1931466", - "MGI:1100878", - "MGI:98279", - "MGI:1349457", - "MGI:3041197", - "MGI:1922997", - "MGI:1933199", - "MGI:2136890", - "MGI:1935121", - "MGI:2137677", - "MGI:1350341", - "MGI:1098703", - "MGI:2446215", - "MGI:1920973", - "MGI:98297", - "MGI:3605641", - "MGI:98299", - "MGI:1195268", - "MGI:2445031", - "MGI:108563", - "MGI:1927664", - "MGI:1915596", - "MGI:1913390", - "MGI:1099835", - "MGI:1351663", - "MGI:108402", - "MGI:1201406", - "MGI:3037150", - "MGI:1929691", - "MGI:2156052", - "MGI:1353479", - "MGI:104516", - "MGI:1345283", - "MGI:1353498", - "MGI:1928369", - "MGI:2442682", - "MGI:1931249", - "MGI:2385166", - "MGI:2140361", - "MGI:1919305", - "MGI:2443383", - "MGI:1915010", - "MGI:2150150", - "MGI:1890216", - "MGI:1270850", - "MGI:1336891", - "MGI:94862", - "MGI:1921337", - "MGI:1351872", - "MGI:2679449", - "MGI:95453", - "MGI:1859183", - "MGI:1339795", - "MGI:1919247", - "MGI:1916186", - "MGI:1096393", - "MGI:109356", - "MGI:1915076", - "MGI:2139270", - "MGI:1919232", - "MGI:1916274", - "MGI:1917729", - "MGI:2685966", - "MGI:1923992", - "MGI:1921728", - "MGI:1924574", - "MGI:1927715", - "MGI:2444120", - "MGI:1927170", - "MGI:1915196", - "MGI:1923823", - "MGI:1924834", - "MGI:2446175", - "MGI:1913433", - "MGI:107931", - "MGI:1344414", - "MGI:1930252", - "MGI:1891338", - "MGI:105372", - "MGI:2445190", - "MGI:1341828", - "MGI:2448556", - "MGI:1915678", - "MGI:1923396", - "MGI:109355", - "MGI:1890156", - "MGI:1342296", - "MGI:102928", - "MGI:1923723", - "MGI:1919445", - "MGI:2441711", - "MGI:1928849", - "MGI:1921325", - "MGI:99515", - "MGI:1354961", - "MGI:2153070", - "MGI:2685071", - "MGI:1196415", - "MGI:2443028", - "MGI:98483", - "MGI:3576210", - "MGI:1916222", - "MGI:2144164", - "MGI:1919488", - "MGI:109567", - "MGI:1925082", - "MGI:98640", - "MGI:1928486", - "MGI:2144865", - "MGI:1918968", - "MGI:1914846", - "MGI:103270", - "MGI:3039623", - "MGI:1913775", - "MGI:2441683", - "MGI:2669033", - "MGI:1098686", - "MGI:2444222", - "MGI:1919150", - "MGI:1932411", - "MGI:2136977", - "MGI:2147810", - "MGI:2685030", - "MGI:2142624", - "MGI:2443597", - "MGI:1919899", - "MGI:106402", - "MGI:2442082", - "MGI:98775", - "MGI:1921050", - "MGI:894675", - "MGI:2673064", - "MGI:1930958", - "MGI:2446193", - "MGI:105070", - "MGI:2450248", - "MGI:1197527", - "MGI:3582693", - "MGI:2181659", - "MGI:2138319", - "MGI:2182472", - "MGI:98797", - "MGI:1920198", - "MGI:1336209", - "MGI:1913476", - "MGI:3029307", - "MGI:1930005", - "MGI:1918576", - "MGI:1328317", - "MGI:106657", - "MGI:1914199", - "MGI:2442815", - "MGI:2685973", - "MGI:96270", - "MGI:1330305", - "MGI:1919383", - "MGI:106244", - "MGI:2384576", - "MGI:2141418", - "MGI:107848", - "MGI:1329045", - "MGI:1916092", - "MGI:1933134", - "MGI:1346078", - "MGI:2145316", - "MGI:98878", - "MGI:1913355", - "MGI:1914378", - "MGI:1918957", - "MGI:2443123", - "MGI:1913405", - "MGI:1915384", - "MGI:1858178", - "MGI:1888998", - "MGI:1923429", - "MGI:2444541", - "MGI:1321389", - "MGI:1916165", - "MGI:102718", - "MGI:2143698", - "MGI:1913435", - "MGI:2444304", - "MGI:2443189", - "MGI:1261847", - "MGI:3642995", - "MGI:104630", - "MGI:107577", - "MGI:1337100", - "MGI:1927241", - "MGI:1917819", - "MGI:2685541", - "MGI:2142282", - "MGI:2442327", - "MGI:1914258", - "MGI:109484", - "MGI:1922830", - "MGI:2140248", - "MGI:99187", - "MGI:1918025", - "MGI:1340045", - "MGI:1917140", - "MGI:2443465", - "MGI:1929117", - "MGI:1306812", - "MGI:2442788", - "MGI:1918381", - "MGI:1914233", - "MGI:3045312", - "MGI:1919153", - "MGI:2664358", - "MGI:1351661", - "MGI:1920597", - "MGI:1922971", - "MGI:101901", - "MGI:3624119", - "MGI:1919908", - "MGI:1889619", - "MGI:1920701", - "MGI:1925378", - "MGI:1915598", - "MGI:2384969", - "MGI:2388711", - "MGI:2145458", - "MGI:3043522", - "MGI:1345189", - "MGI:1860484", - "MGI:2446235", - "MGI:1309515", - "MGI:2157522", - "MGI:1917351", - "MGI:3040701", - "MGI:1270857", - "MGI:2683295", - "MGI:1915524", - "MGI:2676828", - "MGI:2676874", - "MGI:3619440", - "MGI:1919828", - "MGI:3030226", - "MGI:1913300", - "MGI:2681306", - "MGI:1921812", - "MGI:2681253", - "MGI:3619366", - "MGI:3030932" - ) - return(list) -} - - -requiredDataColumns = function(x){ - ColumnsList = c( - 'allele_accession_id', - 'metadata', - 'gene_accession_id', - 'project_name', - 'genetic_background', - 'strain_accession_id', - 'litter_id', - 'phenotyping_center', - 'time_point', - 'external_sample_id', - 'observation_id', - 'developmental_stage_name', - 'datasource_name', - 'procedure_group', - 'pipeline_stable_id', - 'parameter_stable_id', - 'age_in_days', - 'date_of_experiment', - 'weight', - 'pipeline_name', - 'procedure_stable_id', - 'observation_type', - 'developmental_stage_acc', - 'procedure_name', - 'date_of_birth', - 'gene_symbol', - 'metadata_group', - 'biological_sample_group', - 'discrete_point', - 'experiment_source_id', - 'data_point', - 'sex', - 'production_center', - 'colony_id', - 'parameter_name', - 'allele_symbol', - 'age_in_weeks', - 'zygosity', - 'strain_name', - 'data_type', - 'category' - ) - return(ColumnsList) -} updateMethodMap = function(updatePackage = TRUE) { # Extract Centers name from the skip list @@ -4378,19 +3077,6 @@ EnoughWeightForTheSexGenInteraction = function(df, } } -list.dirsDepth = function(path = getwd(), - depth = 0 , - cumulative = FALSE, - ...) { - dirs = path - if (depth > 0) - for (i in 1:depth) { - path = list.dirs(path = path, recursive = FALSE, ...) - dirs = if(cumulative) c(path, dirs) else path - } - return(unique(dirs)) -} - dictionary2listConvert = function(x) { if (is.null(x) || !is(x, 'list')) return(x) @@ -4404,35 +3090,6 @@ dictionary2listConvert = function(x) { return(r2) } -filesContain = function(path = getwd(), - extension = NULL, - containWhat = 'Exit', - ...) { - res = FALSE - files = list.files( - path = path, - pattern = extension, - all.files = TRUE, - full.names = TRUE, - include.dirs = FALSE, - recursive = TRUE, - ... - ) - for (file in files) { - message0('checking for term "', containWhat, '":', file) - fcontent = readLines(file, warn = FALSE) - for (l in fcontent) { - if (is.null(l)) - next - if (grepl(pattern = containWhat, x = l)) - return(TRUE) - } - message0('\t Passed ...') - } - - return(res) -} - packageBackup = function(package = NULL, storepath = NULL, flags = '-r9Xq') { @@ -4488,24 +3145,6 @@ ReplaceWordInFile = function(file, return (invisible(file)) } -install.packages.auto <- function(x) { - x <- as.character(substitute(x)) - if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { - eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x))) - } else { - #update.packages(ask= FALSE) #update installed packages. - eval(parse(text = sprintf("install.packages(\"%s\", dependencies = TRUE)", x))) - } - if(isTRUE(x %in% .packages(all.available=TRUE))) { - eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x))) - } else { - source("http://bioconductor.org/biocLite.R") - #biocLite(character(), ask=FALSE) #update installed packages. - eval(parse(text = sprintf("biocLite(\"%s\")", x))) - eval(parse(text = sprintf("require(\"%s\")", x))) - } -} - ####################### # Annotation pipeline # #######################