Drawing of fused rings buggy

[rwest]

Redraw this molecule a few times and you'll see sometimes some of the carbons are on top of each other and thus invisible.

http://rmg.mit.edu/database/molecule/1%20%20*3%20C%20%20%20%20%200%20%7B2,S%7D%20%7B3,S%7D%20%7B5,S%7D%20%7B8,S%7D%0A2%20%20*4%20C%20%20%20%20%200%20%7B1,S%7D%20%7B4,S%7D%20%7B6,S%7D%20%7B9,S%7D%0A3%20%20%20%20%20C%20%20%20%20%200%20%7B1,S%7D%20%7B7,S%7D%20%7B10,S%7D%20%7B11,S%7D%0A4%20%20%20%20%20C%20%20%20%20%200%20%7B2,S%7D%20%7B7,S%7D%20%7B12,S%7D%20%7B13,S%7D%0A5%20%20*1%20C%20%20%20%20%200%20%7B1,S%7D%20%7B6,S%7D%20%7B14,S%7D%20%7B15,S%7D%0A6%20%20*2%20C%20%20%20%20%200%20%7B2,S%7D%20%7B5,S%7D%20%7B16,S%7D%20%7B17,S%7D%0A7%20%20%20%20%20C%20%20%20%20%200%20%7B3,S%7D%20%7B4,S%7D%20%7B18,S%7D%20%7B19,S%7D%0A8%20%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B1,S%7D%0A9%20%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B2,S%7D%0A10%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B3,S%7D%0A11%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B3,S%7D%0A12%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B4,S%7D%0A13%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B4,S%7D%0A14%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B5,S%7D%0A15%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B5,S%7D%0A16%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B6,S%7D%0A17%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B6,S%7D%0A18%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B7,S%7D%0A19%20%20%20%20H%20%20%20%20%200%20%7B7,S%7D%0A

[rwest]

See also the wonderful pictures at
http://rmg.mit.edu/database/kinetics/results/reactant1=1%20C%200%20%7B5,D%7D%20%7B2,S%7D%20%7B7,S%7D%20;2%20C%200%20%7B1,S%7D%20%7B3,D%7D%20%7B8,S%7D%20;3%20C%200%20%7B2,D%7D%20%7B4,S%7D%20%7B9,S%7D%20;4%20C%201%20%7B3,S%7D%20%7B6,D%7D%20;5%20O%200%20%7B1,D%7D%20;6%20O%200%20%7B4,D%7D%20;7%20H%200%20%7B1,S%7D%20;8%20H%200%20%7B2,S%7D%20;9%20H%200%20%7B3,S%7D__reactant2=1%20C%200%20%7B2,S%7D%20%7B6,S%7D%20%7B7,S%7D%20%7B11,S%7D%20;2%20C%200%20%7B1,S%7D%20%7B3,S%7D%20%7B9,S%7D%20%7B12,S%7D%20;3%20C%200%20%7B2,S%7D%20%7B4,D%7D%20%7B10,S%7D%20;4%20C%200%20%7B3,D%7D%20%7B5,S%7D%20%7B13,S%7D%20;5%20C%200%20%7B4,S%7D%20%7B7,S%7D%20%7B8,S%7D%20%7B14,S%7D%20;6%20C%200%20%7B1,S%7D%20%7B8,S%7D%20%7B15,S%7D%20%7B16,S%7D%20;7%20O%200%20%7B1,S%7D%20%7B5,S%7D%20;8%20O%200%20%7B5,S%7D%20%7B6,S%7D%20;9%20O%200%20%7B2,S%7D%20%7B17,S%7D%20;10%20O%200%20%7B3,S%7D%20%7B18,S%7D%20;11%20H%200%20%7B1,S%7D%20;12%20H%200%20%7B2,S%7D%20;13%20H%200%20%7B4,S%7D%20;14%20H%200%20%7B5,S%7D%20;15%20H%200%20%7B6,S%7D%20;16%20H%200%20%7B6,S%7D%20;17%20H%200%20%7B9,S%7D%20;18%20H%200%20%7B10,S%7D

[rwest]

This has been fixed on bdb8af4 by getting RDKit to generate the 2D coordinates instead of trying to do it ourselves.

Before:

After:

See rdkit fork and pull request #135 for more details.

[connie]

Applause!